PythonとTrim Galoreのインストール
Trim Galoreは、RNA-seqデータの前処理に使用されるツールで、Pythonを使用して動作します。しかし、Windowsではインストールが難しいことが報告されています。そのため、この記事では、Ubuntu環境でのインストールと使用方法を説明します。
まず、Pythonと必要なライブラリをインストールします。Anacondaを使用すると、仮想環境を作成し、その中にPythonと必要なライブラリをインストールすることができます。
conda create -n <仮想環境名> python=3.6 anaconda
source activate <仮想環境名>
次に、BiocondaチャンネルからTrim Galoreをインストールします。
conda install -c bioconda trim-galore
Trim Galoreの使用方法
Trim Galoreを使用してFASTQデータのトリミングを行います。
trim_galore --paired --fastqc SRR1550981.sra_1.fastq.gz SRR1550981.sra_2.fastq.gz
このコマンドは、トリミングされたFASTQデータと、FastQC(リードの品質管理)の結果を出力します。
以上がPythonとTrim Galoreのインストールと使用方法になります。RNA-seqデータの前処理に役立ててください。.