Pythonでファイルをソートするための一般的な方法は、globとnatsortという2つのライブラリを使用することです。
まず、globを使用してファイルリストを取得します。次に、natsortを使用してファイルリストを自然順にソートします。
以下に具体的なコードを示します。
import glob
from natsort import natsorted
# ファイルリストを取得
filepath = 'data/'
filelist = glob.glob(filepath + '*.wav')
# ファイルリストを自然順にソート
new_filelist = natsorted(filelist)
print(new_filelist)
このコードは、指定したディレクトリ内のすべての.wavファイルを取得し、それらを自然順（1, 2, 3, 4, …）にソートします。
なお、natsortライブラリはpipで簡単にインストールできます。
pip install natsort
以上がPythonでファイルを自然順にソートする方法です。この方法を使えば、ファイル名の順番に困ることはありません。